Surveillance et méthodes de laboratoire

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Aperçu

L’identification d’un agent pathogène spécifique s’amorce généralement par le biais d’un médecin qui demande un échantillon de selles à un patient. Une fois l’agent pathogène identifié, l’isolat peut être transféré aux laboratoires de santé publique provinciaux ou fédéraux qui procéderont à un typage ainsi qu’à des analyses supplémentaires, comme le sérotypage, le profilage de la résistance aux antimicrobiens (RAA), et le séquençage du génome entier (SGE). Ces analyses supplémentaires sont un élément important des enquêtes : les isolats ayant les profils de SGE plus étroitement liés sont plus susceptibles de provenir d’une même source, ou d’avoir un lien épidémiologique que les isolats aux profils différents. Si les agents pathogènes sont repérés dans un échantillon de nourriture, leur profil génétique est comparé à ceux qui ont été isolés chez les cas humains dans le cadre d’une enquête sur une éclosion. Le fait de déterminer si les isolats sont génétiquement liés fournit des données probantes importantes pour une enquête sur l’éclosion.

Il existe un certain nombre de types différents de programmes de surveillance en laboratoire  au Canada qui sont utilisés pour surveiller les tendances de maladies entériques au fil du temps, détecter les concentrations de cas et les éclosions, et éclairer les interventions en cas d’éclosion par l’entremise de données découlant de l’attribution de sources. Lorsqu’ils sont analysés séparément, chaque programme de surveillance a son propre objectif, mais lorsqu’ils sont associés à d’autres programmes de surveillance, ils peuvent aider à éclairer les enquêtes sur les éclosions et à détecter les concentrations de cas qui peuvent autrement ne pas être détectées. Plus une concentration de cas est détectée tôt, plus il est probable d’en définir la source, ce qui finalement aide à réduire le nombre de personnes pouvant tomber malades. 

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Méthodes de laboratoire

Sérotypage 

Le sérotypage est une méthode employée pour opérer une distinction entre les différentes souches bactériennes fondée sur la présence ou l’absence d’antigènes (à savoir, les récepteurs sur la surface extérieure de la cellule). On compte par exemple plus de 2 000 souches différentes de Salmonella, la plus commune étant Salmonella enterica sérovar Enteritidis. Le système de classification de Kauffman et White classe diverses souches de Salmonella en sérotype en fonction des antigènes de surface. Le sérotypage est souvent effectué à des laboratoires provinciaux de santé publique. Si un sérotype est courant, d’autres analyses et méthodes de sous-typage sont souvent mises en œuvre. Avec la mise en œuvre au Canada du SGE pour les laboratoires de surveillance, le sérotype est systématiquement déterminé in silico en se fondant sur les données de SGE.

Résistance aux antimicrobiens (RAM) 

Des agents pathogènes peuvent être testés en termes de résistance à des agents antimicrobiens particuliers. Les isolats présentant des classes de résistance similaires sont regroupés. Il est à noter que le profilage de la résistance aux antimicrobiens est souvent mené à des laboratoires hospitaliers et à des laboratoires privés et qu’il est important pour les soins aux patients (c.-à-d. afin d’éviter de donner aux patients des antibiotiques auxquels ils sont résistants).

Séquençage du génome entier (SGE)

Le séquençage du génome entier (SGE) est un procédé de laboratoire qui détermine la séquence génétique (ADN ou ARN) complète d’un organisme (une bactérie ou un virus, p. ex.). Diverses méthodes analytiques (bio-informatiques) peuvent ensuite être utilisées pour déterminer le lien entre les différents isolats utilisant ces séquences. Dans le contexte d’une enquête sur une éclosion, les isolats qui présentent des liens plus étroits peuvent provenir de la même source (p. ex., un produit alimentaire contaminé), tandis que les isolats qui ne sont pas étroitement liés sont moins susceptibles de provenir de la même source. En 2017, le laboratoire national de microbiologie (LNM) a amorcé une transition vers le SGE, la méthode actuelle « de référence absolue » pour comparer les profils génétiques des agents pathogènes bactériens d’origine alimentaire au Canada. À l’échelle nationale, le SGE est actuellement effectué de façon routinière pour tous les isolats des bactéries Listeria, Salmonella, E. coli et Shigella.

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Programmes de surveillance en laboratoire

Programme national de surveillance des maladies entériques (PNSME) 

Le Programme national de surveillance des maladies entériques est un programme administré dans le cadre du Programme national de surveillance des maladies entériques au Laboratoire national de microbiologie et au Centre des maladies infectieuses d’origine alimentaire, environnementale et zoonotique. Par l’entremise du PNSME, chaque laboratoire provincial de santé publique fournit au LNM des totaux hebdomadaires de nouvelles maladies entériques confirmées en laboratoire dans leur territoire de compétence respectif. Ces totaux sont résumés dans un rapport hebdomadaire qui récapitule les tendances de maladie aux échelles nationale et provinciale, en mettant en évidence les agents pathogènes pour lesquels des cas sont signalés comme étant supérieurs aux niveaux de référence. Les rapports de surveillance hebdomadaires ainsi que des données en ligne sont accessibles aux professionnels de la santé provinciaux et fédéraux. 

Réseau des laboratoires de surveillance du Canada (RLSC) – PulseNet Canada 

PulseNet Canada est un système de surveillance national permettant de détecter les éclosions de maladies d’origine alimentaire et d’y réagir. Il est constitué d’un réseau de laboratoires de santé publique à l’échelle du Canada, reliés par des bases de données, qui permet aux représentants de la santé d’établir des correspondances entre les cas dans le cadre d’une enquête sur une éclosion, en identifiant les agrégats de cas de maladie entérique qui sont liés par le séquençage du génome entier (SGE). Ces techniques jouent un rôle particulièrement important au niveau de l’identification des éclosions quand les nombres de cas ne dépassent pas les valeurs attendues.

Le Réseau des laboratoires de surveillance du Canada (RLSC) maintient à jour un babillard électronique, hébergé sur la plateforme du Réseau canadien d’information sur la santé publique (RCISP), qui permet aux laboratoires et aux épidémiologistes de chaque province et territoire, au laboratoire national de microbiologie (LNM), aux épidémiologistes fédéraux et à l’Agence canadienne d’inspection des aliments (ACIA) de publier des informations sur les isolats provenant de cas, d’aliments ou d’animaux qui sont génétiquement liés. Le suivi est facilité par le maintien d’un réseau complexe de relations à différents niveaux avec les partenaires en matière de salubrité des aliments, comme Santé Canada et l’ACIA, ainsi que les autorités de santé publique et d’agriculture provinciales/territoriales.

FoodNet Canada

FoodNet Canada est un système préventif multipartenarial de sites sentinelles mis en œuvre par l’Agence de la santé publique du Canada, qui vise à déceler les sources de maladie entérique au Canada. FoodNet Canada recueille des échantillons à l’échelle communautaire touchant les cas de maladie humaine (p. ex. expositions et comportements) et tout au long du continuum de la ferme à l’assiette (p. ex. aliments vendus au détail, animaux d’élevage, sources locales d’approvisionnement en eau) afin de déterminer les risques. Les principaux objectifs de FoodNet Canada consistent à : i) détecter les changements de tendance dans les maladies entériques humaines et dans les niveaux d’exposition aux agents pathogènes d’origine alimentaire, animale et hydrique (non traitée) dans une population donnée, ii) à optimiser les efforts d’allocation de ressources au Canada en déterminant les facteurs importants de risque et d’exposition aux maladies entériques, iii) et à fournir des renseignements préventifs utiles en vue d’établir l’ordre de priorité des risques, de comparer les interventions et les mesures directes et d’évaluer l’efficacité des programmes de salubrité des aliments et les interventions ciblées en matière de santé publique. 

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Limites et défis

Il existe nombre de limites et défis liés aux diverses méthodologies de laboratoire pour les entéropathogènes ainsi que les systèmes de surveillance. En général, pour être répertorié dans un système de surveillance canadien, une personne malade doit : demander des soins, recevoir une demande d’échantillon (de selles, d’urine ou de sang), et soumettre un échantillon aux fins d’analyse. En outre, l’échantillon doit être analysé de sorte que l’on puisse détecter l’agent responsable et, enfin, le résultat positif du test doit être signalé dans le système de surveillance Les systèmes de surveillance ne détectent qu’une petite partie des maladies totales, compte tenu de toutes les étapes nécessaires (notamment le sous-diagnostic et la sous-déclaration).

Même si des cas sont analysés et répertoriés par l’entremise d’un système de surveillance, il peut être difficile de différencier l’éclosion de cas sporadiques. Ce problème peut être partiellement résolu par une analyse supplémentaire, cependant, le pouvoir de discrimination est généralement limité en termes de typage génétique, et il n’est pas toujours possible ou pratique d’analyser tous les isolats. Ces limites doivent être prises en compte lors de l’analyse et de l’interprétation de données de laboratoire et de surveillance. 

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Outils

Programme national de surveillance des maladies entériques (PNSME)

  • Ce document PDF préparé par l’ASPC est un résumé des données soumises au Programme national de surveillance des maladies entériques (PNSME) en 2012 par les laboratoires de santé publique des provinces et des territoires. Le rapport comprend des tableaux de référence qui fournissent la liste complète des données sur les espèces et les sérotypes déclarés au PNSME, ainsi que des données sur les lysotypes.

Rapports et publications de FoodNet Canada

  • Les rapports et les publications de FoodNet Canada fournissent des renseignements sur les secteurs présentant les plus grands risques pour la santé humaine afin d’aider à orienter les initiatives et les programmes en matière de salubrité des aliments, ainsi que les interventions en matière de santé publique, et contribuent à évaluer l’efficacité de ceux-ci.

Rapports et publications du PICRA

  • Le Programme intégré canadien de surveillance de la résistance aux antimicrobiens (PICRA) surveille les tendances en matière de résistance aux antimicrobiens et d’utilisation d’antimicrobiens chez certains organismes bactériens isolés de sources humaines, animales et alimentaires de partout au Canada.

Base de données de l’ASPC sur les maladies à déclaration obligatoire

  • Maladies à déclaration obligatoire en direct! est une base de données qui procure des données sur les maladies à déclaration obligatoire à l’échelle nationale, notamment le nombre et les taux de cas déclarés, les limites des données et les descriptions des maladies.

Répertoire des maladies à déclaration obligatoire, Centre de collaboration nationale des maladies infectieuses

  • Cette base de données interrogeable renferme les définitions de cas relatives à toutes les maladies à déclaration obligatoire dans chaque province et territoire.

Critères d’interprétation pour le SGE

  • Ce document de référence fournit des renseignements sur la force des éléments probants pour l’interprétation des résultats des SGE. Ces critères servent à évaluer les correspondances entre les cas humains et les correspondances entre les isolats provenant des aliments ou des animaux et les cas humains.

Les 10 agents pathogènes alimentaires les plus recherchés au Canada, Agence canadienne d’inspection des aliments

  • Ce résumé graphique préparé par l’Agence canadienne d’inspection des aliments (ACIA) présente des renseignements sur les symptômes, le délai d’apparition des symptômes, le mode de transmission, les sources potentielles et les mesures à prendre pour prévenir 10 pathogènes d’origine alimentaire.

Bad Bug Book: Handbook of Foodborne Pathogenic Microorganisms and Natural Toxins de la Food and Drug Administration (FDA) (anglais seulement)

  • La deuxième édition de Bad Bug Book, publié par le Center for Food Safety and Applied Nutrition de la Food and Drug Administration (FDA), qui relève du département de la Santé et des Services sociaux des États-Unis, fournit de l’information à jour sur les principaux agents connus qui causent des maladies d’origine alimentaire. Ce manuel ne se veut pas une référence scientifique ou clinique complète; il s’agit plutôt d’un condensé général, destiné à une utilisation pratique.

Centre collaborateur de l’OMS de référence et de recherche sur les Salmonella : Formules antiéniques des sérovars de Salmonella (2007, 9e édition)

  • Ce document de référence préparé pour le Centre collaborateur de l’OMS de référence et de recherche sur les Salmonella décrit la taxonomie et la nomenclature du genre Salmonella et comprend une liste alphabétique des noms attribués aux sérovars accompagnés de leurs formules antigéniques.

Aide-mémoire de la FDA sur les organismes qui causent des maladies d’origine alimentaire (Foodborne Illness-Causing Organisms in the U.S.) (anglais seulement)

  • Ce document PDF fournit un tableau récapitulatif succinct des maladies d’origine alimentaire, des agents pathogènes en cause, du délai d’apparition des symptômes, des signes et des symptômes possibles, et des sources alimentaires. 

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