{"id":2170,"date":"2016-11-30T18:06:11","date_gmt":"2016-11-30T22:06:11","guid":{"rendered":"http:\/\/phac.hyperinteractive.ca\/?page_id=2170"},"modified":"2022-07-19T13:24:44","modified_gmt":"2022-07-19T17:24:44","slug":"interpretation-criteria-for-pfge-and-mlva","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/outbreaktools.ca\/fr\/tools\/interpretation-criteria-for-pfge-and-mlva\/","title":{"rendered":"Crit\u00e8res d\u2019interpr\u00e9tation pour les donn\u00e9es de SGE"},"content":{"rendered":"

En vue de d\u00e9terminer quelle est la probabilit\u00e9 que les isolats soient li\u00e9s et proviennent d\u2019une m\u00eame source, des analyses mol\u00e9culaires ou g\u00e9n\u00e9tiques sont effectu\u00e9es. La caract\u00e9risation mol\u00e9culaire\/g\u00e9n\u00e9tique est un \u00e9l\u00e9ment important d\u2019une enqu\u00eate sur une \u00e9closion\u00a0: les isolats ayant les empreintes ou les profils g\u00e9n\u00e9tiques les plus \u00e9troitement li\u00e9s sont plus susceptibles de provenir d\u2019une m\u00eame source ou d\u2019avoir un lien \u00e9pid\u00e9miologique que les isolats aux profils diff\u00e9rents. Si les agents pathog\u00e8nes sont rep\u00e9r\u00e9s dans un \u00e9chantillon de nourriture, leur profil g\u00e9n\u00e9tique est compar\u00e9 \u00e0 ceux qui ont \u00e9t\u00e9 isol\u00e9s chez les cas humains dans le cadre d\u2019une enqu\u00eate sur une \u00e9closion. Le fait de d\u00e9terminer si les isolats sont g\u00e9n\u00e9tiquement li\u00e9s fournit des donn\u00e9es probantes importantes pour une enqu\u00eate sur l\u2019\u00e9closion. Les m\u00e9thodes de laboratoire servant \u00e0 l\u2019\u00e9tablissement de profils g\u00e9n\u00e9tiques et les crit\u00e8res d\u2019interpr\u00e9tation des r\u00e9sultats sont adapt\u00e9s des proc\u00e9dures du r\u00e9seau PulseNet Canada. Le s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome entier (SGE) est la m\u00e9thode actuelle utilis\u00e9e par PulseNet Canada et procure l\u2019empreinte g\u00e9n\u00e9tique des bact\u00e9ries la plus pr\u00e9cise qui soit.<\/p>\n

Le tableau suivant pr\u00e9sente des d\u00e9tails sur les lignes directrices suivies pour interpr\u00e9ter les donn\u00e9es de SGE et ainsi d\u00e9tecter les \u00e9closions. Ces crit\u00e8res servent \u00e0 \u00e9valuer les correspondances entre les cas humains et les correspondances entre les isolats provenant des aliments ou les isolats animaux et les cas humains.<\/p>\n\n\n\n\n\n\n
\u00c9l\u00e9ment<\/th>\n\n

Directive d\u2019interpr\u00e9tation<\/strong><\/p>\n<\/td>\n<\/tr>\n

Quelle est la diversit\u00e9 g\u00e9n\u00e9tique parmi les isolats d\u2019int\u00e9r\u00eat?<\/td>\n\n

Nombre de diff\u00e9rences g\u00e9n\u00e9tiques, g\u00e9n\u00e9ralement mesur\u00e9 par le nombre de diff\u00e9rences d\u2019all\u00e8les lors du typage de s\u00e9quence du g\u00e9nome entier sur plusieurs locus entre les isolats, exprim\u00e9 sous la forme d\u2019une fourchette.<\/p>\n

PulseNet Canada emploie des diff\u00e9rences d\u2019all\u00e8le allant de 0 \u00e0 10 comme point de d\u00e9part de la d\u00e9tection d\u2019un agr\u00e9gat de cas. Les d\u00e9finitions de seuil inflexibles ne conviennent pas aux donn\u00e9es de SGE.<\/p>\n<\/td>\n<\/tr>\n

Au sein du groupe d\u2019isolats d\u2019int\u00e9r\u00eat, quelles sont les relations g\u00e9n\u00e9tiques (c.-\u00e0-d., y a-t-il des isolats qui sont plus \u00e9troitement li\u00e9s)?<\/td>\nLes facteurs \u00e0 prendre en consid\u00e9ration comprennent\u00a0: est-ce que les isolats sont dispers\u00e9s au sein de l\u2019agr\u00e9gat de cas, ou est-ce qu\u2019ils forment un groupe serr\u00e9? De quelle nature sont les relations au sein d\u2019un agr\u00e9gat de cas?<\/td>\n<\/tr>\n
Quel est le contexte de surveillance \u00e9largi et la diversit\u00e9 g\u00e9nomique pour cet organisme?<\/td>\n\n

Les facteurs \u00e0 prendre en consid\u00e9ration comprennent\u00a0: la distance g\u00e9n\u00e9tique par rapport aux autres agr\u00e9gats de cas ou isolats; la diversit\u00e9 de la population; la relation g\u00e9n\u00e9tique dans le cadre plus large de la surveillance (comprend les donn\u00e9es internationales).<\/p>\n<\/td>\n<\/tr>\n<\/tbody>\n<\/table>\n

Analyses suppl\u00e9mentaires :<\/h2>\n

Pour d\u2019autres pathog\u00e8nes d\u2019origine alimentaire, dont les parasites et les virus d\u2019origine alimentaire, il arrive que des analyses g\u00e9n\u00e9tiques normalis\u00e9es ne soient pas men\u00e9es de mani\u00e8re syst\u00e9matique par le r\u00e9seau PulseNet Canada, ou qu\u2019il n\u2019existe pas de m\u00e9thodes adapt\u00e9es. Pour chaque situation et en consultation avec les intervenants, on d\u00e9cide d\u2019\u00e9preuves de laboratoire \u00e0 mettre en place et de leur interpr\u00e9tation.<\/p>\n

Lorsque de nouvelles analyses sont employ\u00e9es au cours d\u2019enqu\u00eates sur des \u00e9closions \u00e0 cette fin, elles sont appliqu\u00e9es en parall\u00e8le des analyses principales et sont soigneusement interpr\u00e9t\u00e9es au cas par cas.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

En vue de d\u00e9terminer quelle est la probabilit\u00e9 que les isolats soient li\u00e9s et proviennent d\u2019une m\u00eame source, des analyses mol\u00e9culaires ou g\u00e9n\u00e9tiques sont effectu\u00e9es. La caract\u00e9risation mol\u00e9culaire\/g\u00e9n\u00e9tique est un \u00e9l\u00e9ment important d\u2019une enqu\u00eate sur une \u00e9closion\u00a0: les isolats ayant les empreintes ou les profils g\u00e9n\u00e9tiques les plus \u00e9troitement li\u00e9s sont plus susceptibles de provenir […]<\/p>\n","protected":false},"author":2,"featured_media":0,"parent":88,"menu_order":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","template":"fullpage.php","meta":{"footnotes":""},"class_list":["post-2170","page","type-page","status-publish","hentry"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/outbreaktools.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/2170","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/outbreaktools.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/pages"}],"about":[{"href":"https:\/\/outbreaktools.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/types\/page"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/outbreaktools.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/users\/2"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/outbreaktools.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=2170"}],"version-history":[{"count":17,"href":"https:\/\/outbreaktools.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/2170\/revisions"}],"predecessor-version":[{"id":5197,"href":"https:\/\/outbreaktools.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/2170\/revisions\/5197"}],"up":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/outbreaktools.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/pages\/88"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/outbreaktools.ca\/fr\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=2170"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}