{"id":4087,"date":"2021-07-07T14:48:38","date_gmt":"2021-07-07T18:48:38","guid":{"rendered":"https:\/\/outbreaktools.ca\/?page_id=4087"},"modified":"2026-06-19T08:45:30","modified_gmt":"2026-06-19T12:45:30","slug":"wgs-tree","status":"publish","type":"page","link":"https:\/\/outbreaktools.ca\/fr\/case-study-overview\/module-1-cluster-detection-and-initial-investigation-2\/wgs-tree\/","title":{"rendered":"Arbre du SGE"},"content":{"rendered":"\n

Jour 14 : Jeudi 21 mai 2020  <\/strong><\/p>\n\n\n\n

En examinant les rapports sommaires hebdomadaires du SGE de PulseNet Canada, vous remarquez qu\u2019une mise \u00e0 jour a \u00e9t\u00e9 apport\u00e9e \u00e0 la grappe d\u2019infection \u00e0 Salmonella <\/em>Newport d\u00e9tect\u00e9e ant\u00e9rieurement en Ontario (2005NEWWGS-1ON). La grappe comprend maintenant un total de neuf isolats, provenant de la Colombie\u2011Britannique (n = 2), de l\u2019Ontario (n = 6) et de l\u2019Alberta (n = 1).<\/p>\n\n\n\n

Maintenant qu\u2019il s\u2019agit d\u2019une grappe touchant plusieurs provinces, le code de la grappe a \u00e9t\u00e9 modifi\u00e9 comme suit : 2005NEWWGS-1ON-MP. La mention \u00ab MP \u00bb a \u00e9t\u00e9 ajout\u00e9e \u00e0 la fin du code de grappe pour indiquer que cette grappe touche de multiples provinces.<\/p>\n\n\n\n

Afin d\u2019\u00e9valuer cette grappe de fa\u00e7on plus approfondie, vous d\u00e9cidez d\u2019examiner la liste des cas pour obtenir plus de renseignements et vous demandez \u00e0 PulseNet Canada de tenir une r\u00e9union rapide pour examiner l\u2019arbre du SGE pour cette grappe.<\/p>\n\n\n\n

Arbre du SGE<\/strong><\/p>\n\n\n\n

Vous rencontrez PulseNet Canada qui vous communique l\u2019arbre du SGE ci-dessous pour les neuf cas. Neuf cas confirm\u00e9s d\u2019infection \u00e0 Salmonella<\/em> Newport ont \u00e9t\u00e9 signal\u00e9s en Alberta (n = 1), en Colombie-Britannique (n = 2) et en Ontario (n = 6). Les neuf cas sont g\u00e9n\u00e9tiquement li\u00e9s par le s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome entier, l\u2019analyse wgMLST r\u00e9v\u00e9lant de 0 \u00e0 6 diff\u00e9rences d\u2019all\u00e8les. Ce degr\u00e9 de variation indique que tous ces cas ont \u00e9t\u00e9 expos\u00e9s \u00e0 la m\u00eame souche sp\u00e9cifique de Salmonella<\/em>. Ces donn\u00e9es sont conformes au principe biologique sous-jacent selon lequel les souches g\u00e9n\u00e9tiquement identiques ou tr\u00e8s similaires sont plus susceptibles de provenir d\u2019une source commune et fournissent donc des preuves solides qu\u2019il s\u2019agit d\u2019une \u00e9closion de source commune.<\/p>\n\n\n\n

\"Text<\/a>
Description : Arbre du SGE illustrant la parent\u00e9 g\u00e9n\u00e9tique des neuf cas. Les cas sont tous g\u00e9n\u00e9tiquement li\u00e9s et pr\u00e9sentent de 0 \u00e0 5,6 diff\u00e9rences d\u2019all\u00e8les \u00e0 l\u2019analyse wgMLST.<\/figcaption><\/figure>\n\n\n\n

<\/p>\n\n\n\n

Question 1-4 : Quels facteurs pourraient \u00eatre pris en compte dans l\u2019\u00e9valuation des grappes par SGE aux fins du suivi?<\/em><\/strong><\/p>\n\n\n\n

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