PNSME rapport

Jour 8 : Vendredi 15 mai 2020

Vous assistez à votre réunion hebdomadaire portant sur l’examen des chiffres du Programme national de surveillance des maladies entériques (PNSME) pour la semaine précédente (du 3 au 9 mai, semaine 2020-19 du PNSME).

Le tableau 2 ci-dessous présente le nombre de cas confirmés d’infection à Salmonella Newport du PNSME. Le nombre d’infections à Salmonella Newport est considérablement supérieur aux prévisions à l’échelle nationale (14 cas signalés, 5 cas prévus), ainsi qu’à l’échelle provinciale, en Colombie-Britannique (5 cas signalés, 1 cas prévu), en Alberta (3 cas signalés, 1 cas prévu) et en Ontario (4 cas signalés, 1 cas prévu). Les chiffres sont conformes aux prévisions dans les autres provinces et territoires.

Tableau 2 : Nombre de cas confirmés d’infection à Salmonella Newport au PNSME, par province, semaine 2020‑19* (du 3 au 9 mai 2020)

Province ou territoire

Signalés

Prévus

Nombre de cas sensiblement supérieur aux prévisions?

À l’échelle nationale

14

5

Oui

Colombie-Britannique

5

1

Oui

Alberta

3

1

Oui

Saskatchewan

0

0

Non

Manitoba

0

1

Non

Ontario

4

1

Oui

Québec

1

0

Non

Nouveau-Brunswick

0

0

Non

Nouvelle-Écosse

1

0

Non

Terre-Neuve-et-Labrador

0

0

Non

Île-du-Prince-Édouard

0

1

Non

Yukon

0

0

Non

Territoires du Nord‑Ouest

0

0

Non

Nunavut

0

0

Non

Remarque : Les nombres de cas signalés et prévus dans le tableau ci-dessus sont fictifs et ont été établis uniquement pour les besoins de la présente étude de cas. Ils ne représentent pas des nombres réels de cas à l’échelle nationale ou provinciale et aucune interprétation ni conclusion ne peut en être inférée. Ces données ne doivent pas être publiées ni distribuées hors du contexte pédagogique de cette étude de cas.

Question 1-2 : De quels renseignements additionnels pourriez-vous avoir besoin afin d’évaluer si une éclosion est en train de se produire dans plusieurs provinces ou territoires? Comment obtiendrez-vous ces renseignements?

  •  Afin de déterminer s’il s’agit d’une éclosion touchant plusieurs administrations, vous devez déterminer quelles étaient les prévisions pendant la période où ces cas ont été signalés. À ce stade-ci, il est intéressant de constater que quatorze cas ont été déclarés en une semaine alors que normalement nous n’en attendions que cinq. Il est aussi intéressant de constater que ce sérotype semble se distinguer dans plusieurs provinces. Toutefois, il s’agit d’un sérotype courant au Canada et vous voudrez probablement obtenir d’autres données de laboratoire et des preuves épidémiologiques pour confirmer la parenté entre ces cas.
  • PulseNet Canada peut vous transmettre des renseignements sur la parenté génétique des cas dans l’ensemble du Canada grâce au SGE. PulseNet Canada peut également fournir une première liste de cas pour ces isolats (la section suivante traitera des listes de cas de façon plus détaillée).
  • PulseNet Canada et les laboratoires provinciaux et territoriaux peuvent fournir des renseignements sur le nombre de cas d’infection à Salmonella Newport pour lesquels un SGE est en cours de réalisation dans les laboratoires provinciaux et territoriaux et dans le LNM.

Le séquençage du génome entier est la méthode actuelle « de référence » pour comparer les profils génétiques de la plupart des agents pathogènes bactériens d’origine alimentaire au Canada, y compris l’agent pathogène Salmonella. Avant le passage au SGE en 2017, l’électrophorèse en champ pulsé (ECP) et la lysotypie étaient utilisées pour déterminer les correspondances entre les isolats de Salmonella.

Question 1-3 : Quels sont les avantages de l’utilisation du SGE pour détecter les éclosions par rapport aux méthodes de laboratoire antérieures de sous-typage? 

Avantages du SGE pour détecter les éclosions :

  • Plus fiable que les autres méthodes de laboratoire pour déterminer si les cas sont génétiquement liés; facilite la prise d’une décision globale quant à la tenue d’une enquête sur une éclosion.
  • Plus spécifique que les autres méthodes de laboratoire, car il permet de détecter des grappes qui étaient auparavant difficiles à relier.
  • Capable d’exclure les grappes et les cas non apparentés, ce qui accélère le processus et améliore la précision des données épidémiologiques.
  • Permet des interventions plus ciblées et évite que des ressources se consacrent à l’examen de cas communs, mais non apparentés.
  • Capable d’établir un lien plus définitif entre les cas et les échantillons d’aliments contaminés, ce qui accroît le poids de la preuve.

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