En vue de déterminer quelle est la probabilité que les isolats soient liés et proviennent d’une même source, des analyses moléculaires ou génétiques sont effectuées. La caractérisation moléculaire/génétique est un élément important d’une enquête sur une éclosion : les isolats ayant les empreintes ou les profils génétiques les plus étroitement liés sont plus susceptibles de provenir d’une même source ou d’avoir un lien épidémiologique que les isolats aux profils différents. Si les agents pathogènes sont repérés dans un échantillon de nourriture, leur profil génétique est comparé à ceux qui ont été isolés chez les cas humains dans le cadre d’une enquête sur une éclosion. Le fait de déterminer si les isolats sont génétiquement liés fournit des données probantes importantes pour une enquête sur l’éclosion. Les méthodes de laboratoire servant à l’établissement de profils génétiques et les critères d’interprétation des résultats sont adaptés des procédures du réseau PulseNet Canada. Le séquençage du génome entier (SGE) est la méthode actuelle utilisée par PulseNet Canada et procure l’empreinte génétique des bactéries la plus précise qui soit.

Le tableau suivant présente des détails sur les lignes directrices suivies pour interpréter les données de SGE et ainsi détecter les éclosions. Ces critères servent à évaluer les correspondances entre les cas humains et les correspondances entre les isolats provenant des aliments ou les isolats animaux et les cas humains.

Élément	Directive d’interprétation
Quelle est la diversité génétique parmi les isolats d’intérêt?	Nombre de différences génétiques, généralement mesuré par le nombre de différences d’allèles lors du typage de séquence du génome entier sur plusieurs locus entre les isolats, exprimé sous la forme d’une fourchette. PulseNet Canada emploie des différences d’allèle allant de 0 à 10 comme point de départ de la détection d’un agrégat de cas. Les définitions de seuil inflexibles ne conviennent pas aux données de SGE.
Au sein du groupe d’isolats d’intérêt, quelles sont les relations génétiques (c.-à-d., y a-t-il des isolats qui sont plus étroitement liés)?	Les facteurs à prendre en considération comprennent : est-ce que les isolats sont dispersés au sein de l’agrégat de cas, ou est-ce qu’ils forment un groupe serré? De quelle nature sont les relations au sein d’un agrégat de cas?
Quel est le contexte de surveillance élargi et la diversité génomique pour cet organisme?	Les facteurs à prendre en considération comprennent : la distance génétique par rapport aux autres agrégats de cas ou isolats; la diversité de la population; la relation génétique dans le cadre plus large de la surveillance (comprend les données internationales).

Analyses supplémentaires :

Pour d’autres pathogènes d’origine alimentaire, dont les parasites et les virus d’origine alimentaire, il arrive que des analyses génétiques normalisées ne soient pas menées de manière systématique par le réseau PulseNet Canada, ou qu’il n’existe pas de méthodes adaptées. Pour chaque situation et en consultation avec les intervenants, on décide d’épreuves de laboratoire à mettre en place et de leur interprétation.

Lorsque de nouvelles analyses sont employées au cours d’enquêtes sur des éclosions à cette fin, elles sont appliquées en parallèle des analyses principales et sont soigneusement interprétées au cas par cas.